C’est sous les Omeyyades, sous ‘Abd al-Malik (685-705) plus particulièrement, que l’on peut placer la troisième phase de l’histoire du Coran. Mais les informations fournies par les sources sont contradictoires. Plusieurs modifications importantes faites sur le texte sont attribuées à l’homme fort du régime omeyyade de cette période, al-Hajjaj b. Yusuf (714). Pour les uns, les améliorations qu’il aurait fait apporter au texte coranique se seraient limitées à rectifier des lectures déficientes ou à y mettre en ordre les versets, voire les sourates. Pour d’autres, il en aurait perfectionné l’orthographe en introduisant des points [5]

Des réformes semblables sont également attribuées à d’autres personnages par les sources musulmanes. En dépit des contradictions, le règne de Abd al-Malik, fut un moment déterminant pour la constitution des textes coraniques qui nous sont parvenus. Le texte final ne s’imposa que très lentement.